| 学院 | 基本信息 | 2012年总计划数 | 福建省内计划数 | |||
| 预设专业 | 科类 | 授予学位 | 学制 | |||
| 中医学院 | 七年制中医学 | 理科 | 医学 | 7 | 195 | 195 |
| 文科 | 医学 | 7 | 195 | 195 | ||
| 中医学 | 理科 | 医学 | 5 | 120 | 80 | |
| 文科 | 医学 | 5 | 120 | 80 | ||
| 针灸学院 | 针灸推拿学 | 理科 | 医学 | 5 | 75 | 55 |
| 文科 | 医学 | 5 | 75 | 55 | ||
| 药学院 | 中药学 | 理科 | 医学 | 4 | 60 | 35 |
| 药学 | 理科 | 理学 | 4 | 120 | 80 | |
| 药物制剂 | 理科 | 工学 | 4 | 60 | 45 | |
| 市场营销（药品营销方向） | 理科 | 管理学 | 4 | 30 | 20 | |
| 文科 | 管理学 | 4 | 30 | 20 | ||
| 中西医结合学院 | 中西医临床医学 | 理科 | 医学 | 5 | 60 | 45 |
| 临床医学 | 理科 | 医学 | 5 | 490 | 355 | |
| 临床医学（定向） | 理科 | 医学 | 5 | 30 | 30 | |
| 管理学院 | 公共事业管理（卫生管理方向） | 理科 | 管理学 | 4 | 25 | 15 |
| 文科 | 管理学 | 4 | 20 | 10 | ||
| 公共事业管理（医事法律方向） | 理科 | 医学 | 5 | 30 | 15 | |
| 文科 | 医学 | 5 | 30 | 15 | ||
| 信息管理与信息系统（医学信息方向） | 理科 | 管理学 | 4 | 45 | 30 | |
| 护理学院 | 护理学 | 理科 | 医学 | 4 | 120 | 60 |
| 文科 | 医学 | 4 | 120 | 70 | ||
| 康复医学院 | 康复治疗学（物理治疗方向） | 理科 | 理学 | 4 | 60 | 40 |
| 文科 | 理学 | 4 | 30 | 20 | ||
| 康复治疗学（作业治疗方向） | 理科 | 理学 | 4 | 40 | 25 | |
| 文科 | 理学 | 4 | 20 | 15 | ||
| 闽台合作项目 | 食品科学与工程（闽台合作项目） | 理科 | 工学 | 4 | 50 | 50 |
| 医学影像学（闽台合作项目） | 理科 | 理学 | 4 | 50 | 50 | |
| 总人数 | 2300 | 1705 | ||||
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